Apoprotein E(APOE, 載脂蛋白E)基因型是晚發性AD的最強危險因素。 APOE 編碼有三種常見的等位基因 (E2、E3、E4)。 每個人從母親繼承了一個 APOE 基因，也從父親那裡繼承了另一個，所以您有兩個 APOE 基因拷貝，基因型的組合就有下列各種可能: E2/E2, E2/E3, E2/E4, E3/E3, E3/E4, E4/E4。APOE E4 與AD風險增加相關，一個 APOE E4 等位基因使得到 AD 風險增加 3 倍，兩個 APOE E4 等位基因使 AD 風險增加8- 12 倍。 APOE E4 還與發病年齡的降低有關。 相反的，APOE E2 與AD風險降低有關。APOE 是脂蛋白代謝的調節劑，它在中樞神經系統膽固醇的轉運、神經可塑性和炎症的發生中扮演著重要的角色。 APOE可與 Aβ 結合並影響可溶性 Aβ 的清除和 Aβ 聚集。 神經病理學和神經影像學研究顯示，APOE E4 攜帶者比無 APOE E4個體會有更快速且更多量的 Aβ 沉積 。至今已有許多研究顯示APOE 是晚發型AD 的危險因子，而且是通過影響 APP的代謝來啟動 AD 的發病機制。